Her organda görülebildiği gibi, beyinde de kontrol altına alınamayan enfeksiyonlara veya kronik bir takım enfeksiyonlara bağlı olarak apseler oluşabilmektedir. Aslında bir kitlenin beyin apsesi olduğu radyolojik tetkiklerle belirlendiğinde veya beyin tümör ameliyatı sırasında kitle ararken karşımıza apse çıktığında, hastanın hayatı kurtuldu diye çok seviniyoruz. Çünkü kötü huylu bir beyin tümörüne, hatta iyi huylu bir beyin tümörüne kıyasla; beyinde apse çok daha kolaylıkla ve etkinlikle tedavi edilebilen bir durumdur.
Ancak kimi zaman beyin apselerinin tedavisi de, özellikle enfeksiyona bazı özel mikroplar yol açtı ise veya hastanın bağışıklık sistemin zayıfsa; çok güç olabilmekte, hastanın tedavisi uzun ve zorlu bir süreç halini alabilmektedir. Hatta bazen beyin apseleri ölümcül bile olabilmektedir.